Determinación de los SNP y valores de cría

¿Cómo se determinan los SNP en el laboratorio?

Para los análisis de laboratorio se utilizan los llamados chips de SNP. Los chips de SNP están disponibles de diferentes fabricantes y en diferentes versiones (número de los SNP analizados por muestra). Al principio, el estándar en el ganado vacuno (razas lecheras) era el Illumina ® BovineSNP50 BeadChip, con el que se determinaron más de 54 000 SNP simultáneamente en doce muestras. Ahora existen algunos con menos SNP —llamados chip de baja densidad (chip LD)— y otros que tienen más de 777 000 SNP, llamados chip de alta densidad (chip HD). Por otro lado, hay chips que, además de los SNP para la estimación de valores de cría, ofrecen pruebas de defectos congénitos (por ejemplo, SMA, Weaver, BLAD, CVM) y algunas pruebas de ciertos propiedades de herencia monogénica (por ejemplo, factor rojo, kappa caseína, falta de cuernos para ciertas razas). Los genotipos de los chips LD pueden extrapolarse a los de mayor densidad (chip estándar o incluso chip HD) mediante el método Imputing. Actualmente, los chips HD solo se utilizan en proyectos de investigación, ya que no aportan ninguna ventaja significativa para la estimación de valores de cría.

De los SNP a los valores de cría

La mayoría de los SNP, determinados en el laboratorio, no aportan nada inicialmente sobre el potencial hereditario de un animal. Solo con métodos estadísticos se revelan las correlaciones entre los SNP y los rasgos de interés para los criadores. Los datos necesarios son proporcionados por toros que han sido probados para descendencia y cuyo patrón de herencia es ampliamente conocido. Para ello se requiere una gran cantidad de toros probados para descendencia, probablemente más de mil; cuantos más, mejor. Las vacas con valores de cría seguros también pueden aportar su contribución.

Una vez que se han determinado las relaciones, ya se podrán calcular los valores de cría para los animales jóvenes por medio de los análisis de los SNP en combinación con la información sobre sus padres, valores que muestran un grado de certeza significativamente mayor que los puros valores de cría genéticos. La certeza de estos valores de cría genómicos depende principalmente de la precisión para estimar la relación entre los SNP y los valores de cría y, por otro lado, de la heredabilidad que presenta el rasgo.

¿Qué certeza tienen los valores de cría genómicamente optimizados (VCGO) en comparación con los valores de cría (VC) tradicionales? Hay varios estudios al respecto, por ejemplo el de Van Doormaal (2009) en Holsteins canadienses para una selección de rasgos:

certeza de los valores de cría (coeficiente de determinación, B%) Holstein Canadá (Van Doormaal, 2009)

Por consiguiente, la inclusión de la información de los SNP aporta un aumento significativo de la certeza en comparación con el método anterior, principalmente en el caso de los terneros. Pero también las vacas pueden ser evaluadas de forma más fiable con la información de los SNP que con la estimación tradicional de valores basados en su propio rendimiento y su ascendencia. Por el contrario, para los toros probados en el mismo país no se ha encontrado un aumento significativo de la certeza.